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denario

K-Dense Inc.

用于科学研究辅助的多智能体AI系统,可自动化从数据分析到论文发表的研究流程。当需要从数据集中生成研究想法、开发研究方法、执行计算实验、进行文献检索或生成符合发表要求的LaTeX格式论文时,应使用此功能。支持端到端研究流程,并提供可自定义的智能体编排。

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dnanexus-integration

K-Dense Inc.

DNAnexus 云基因组学平台。构建应用程序/小程序、管理数据(上传/下载)、使用 dxpy Python SDK、运行工作流,支持 FASTQ/BAM/VCF 格式,用于基因组学管道的开发与执行。

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ena-database

K-Dense Inc.

通过API/FTP访问欧洲核苷酸档案库,按 accession 获取DNA/RNA序列、原始测序数据(FASTQ)和基因组组装结果,用于基因组学和生物信息学流程。支持多种格式。

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histolab

K-Dense Inc.

轻量级 WSI 切片提取与预处理。适用于基础切片处理,如组织检测、切片提取和 H&E 图像的染色归一化。最适合简单流程、数据集准备和快速基于切片的分析。如需进行高级空间蛋白质组学、多重成像或深度学习流程,请使用 pathml。

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latchbio-integration

K-Dense Inc.

生物信息学工作流的锁扣平台。使用 Latch SDK、@workflow/@task 装饰器构建流水线,部署无服务器工作流,支持 LatchFile/LatchDir,集成 Nextflow/Snakemake。

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matchms

K-Dense Inc.

用于代谢组学的光谱相似性分析与化合物鉴定。适用于比较质谱、计算相似性得分(余弦相似度、修正余弦相似度)以及从光谱库中识别未知化合物。最适合代谢物鉴定、光谱匹配和库搜索。如需完整的LC-MS/MS蛋白组学分析流程,请使用pyopenms。

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polars

K-Dense Inc.

适用于内存中数据集的高性能内存DataFrame库。当pandas速度过慢但数据仍可放入内存时使用。采用惰性求值、并行执行和Apache Arrow后端,最适合1-100GB的数据集、ETL管道,可作为pandas的更快替代方案。对于超过内存容量的数据,请使用dask或vaex。

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pyopenms

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完整的质谱分析平台,适用于蛋白质组学工作流程中的特征检测、肽段鉴定、蛋白质定量和复杂的液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)流程。支持多种文件格式和算法,最适合蛋白质组学和全面的质谱数据处理。如需简单的谱图比较或代谢物鉴定,请使用matchms。

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pysam

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基因组文件工具包。读取/写入SAM/BAM/CRAM比对结果、VCF/BCF变异、FASTA/FASTQ序列,提取区域,计算覆盖度,适用于NGS数据处理流程。

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