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bindingdb-database

K-Dense Inc.

查询 BindingDB 获取药物-靶标结合亲和力(Ki、Kd、IC50、EC50)的实测数据。可通过靶标(UniProt ID)、化合物(SMILES/名称)或病原体进行搜索。对药物发现、先导化合物优化、多靶点药理学分析及构效关系(SAR)研究至关重要。

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bgpt-paper-search

K-Dense Inc.

通过BGPT MCP服务器搜索科学论文,并从全文研究中提取结构化实验数据。每篇论文返回25多个字段,包括方法、结果、样本量、质量评分和结论。适用于文献综述、证据整合以及查找摘要中无法获取的实验细节。

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biopython

K-Dense Inc.

全面的分子生物学工具包。用于序列操作、文件解析(FASTA/GenBank/PDB)、系统发育分析以及编程访问NCBI/PubMed(Bio.Entrez)。最适合批量处理、自定义生物信息学流程和BLAST自动化。如需快速查询,请使用gget;如需多服务集成,请使用bioservices。

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biorxiv-database

K-Dense Inc.

适用于 bioRxiv 预印本服务器的高效数据库检索工具。在通过关键词、作者、日期范围或类别搜索生命科学类预印本、获取论文元数据、下载 PDF 或进行文献综述时使用此功能。

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bioservices

K-Dense Inc.

统一的 Python 接口,支持 40 多个生物信息学服务。在单个工作流中查询多个数据库(UniProt、KEGG、ChEMBL、Reactome)时使用,API 保持一致。最适合跨数据库分析和跨服务的 ID 映射。如需快速单数据库查询,请使用 gget;如需序列或文件操作,请使用 biopython。

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brenda-database

K-Dense Inc.

通过SOAP API访问BRENDA酶数据库,获取动力学参数(Km、kcat)、反应方程式、生物体数据以及底物特异性的酶信息,用于生化研究和代谢通路分析。

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cbioportal-database

K-Dense Inc.

查询 cBioPortal 获取癌症基因组数据,包括数千项癌症研究中的体细胞突变、拷贝数变异、基因表达和生存数据,用于癌症靶点验证、癌基因/抑癌基因分析及患者层面的基因组谱分析。

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cellxgene-census

K-Dense Inc.

以编程方式查询CELLxGENE Census(6100万+细胞)。当您需要从最大规模的 curated 单细胞图谱中获取跨组织、疾病或细胞类型的表达数据时使用。适用于大规模群体查询和参考图谱比较。如需分析您自己的数据,请使用 scanpy 或 scvi-tools。

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chembl-database

K-Dense Inc.

查询ChEMBL生物活性分子和药物发现数据。通过结构/性质搜索化合物,获取生物活性数据(IC50、Ki),寻找抑制剂,进行药物化学的构效关系研究。

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