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ena-database

K-Dense Inc.

通过API/FTP访问欧洲核苷酸档案库,按 accession 获取DNA/RNA序列、原始测序数据(FASTQ)和基因组组装结果,用于基因组学和生物信息学流程。支持多种格式。

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对超过200种文件格式的科学数据文件进行全方位的探索性数据分析。该技能适用于分析任何科学数据文件,以理解其结构、内容、质量与特征。自动识别文件类型,并生成包含格式特定分析、质量指标及下游分析建议的详细Markdown报告。覆盖化学、生物信息学、显微镜、光谱学、蛋白质组学、代谢组学及通用科学数据格式。

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gene-database

K-Dense Inc.

通过E-utilities/Datasets API查询NCBI Gene。按符号/ID搜索,获取基因信息(RefSeq、GO、位置、表型),支持批量查询,用于基因注释和功能分析。

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在开始任何计算密集型科学任务之前,应使用此技能来检测并报告可用的系统资源(CPU核心、GPU、内存、磁盘空间)。它会生成一个包含资源信息和策略性建议的JSON文件,以指导计算方法的选择,例如是否使用并行处理(joblib、multiprocessing)、外存计算(Dask、Zarr)、GPU加速(PyTorch、JAX)或内存高效策略。在运行分析、训练模型、处理大型数据集或任何受资源限制影响的任务之前,请先使用此技能。

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gget

K-Dense Inc.

快速通过 CLI/Python 查询 20 多个生物信息学数据库,用于快速查找:基因信息、BLAST 搜索、AlphaFold 结构、富集分析。最适合交互式探索和简单查询。如需批处理或高级 BLAST 功能,请使用 Biopython;如需多数据库 Python 工作流,请使用 Bioservices。

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infographics

K-Dense Inc.

使用 Nano Banana Pro AI 创建专业信息图表,具备智能迭代优化功能。采用 Gemini 3 Pro 进行质量审查,整合研究检索与网页搜索以确保数据准确。支持 10 种信息图表类型、8 种行业风格,以及色盲安全配色方案。

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latchbio-integration

K-Dense Inc.

生物信息学工作流的锁扣平台。使用 Latch SDK、@workflow/@task 装饰器构建流水线,部署无服务器工作流,支持 LatchFile/LatchDir,集成 Nextflow/Snakemake。

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parallel-web

K-Dense Inc.

通过网络搜索,提取网页内容,并使用并行聊天API和提取API进行深度研究。适用于所有网络搜索、研究查询和信息收集,提供带有引用的综合摘要。

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perplexity-search

K-Dense Inc.

通过 LiteLLM 和 OpenRouter 使用 Perplexity 模型进行基于实时信息的 AI 驱动网页搜索。此功能适用于查找当前信息、检索近期科学文献、获取带有来源引用的可靠答案,或访问超出模型知识截止日期之外的信息。通过单一的 OpenRouter API 密钥,即可访问多个 Perplexity 模型,包括 Sonar Pro、Sonar Pro Search(高级代理搜索)和 Sonar Reasoning Pro。

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