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adaptyv

K-Dense Inc.

用于自动化蛋白质检测与验证的云实验室平台。在设计蛋白质并需要实验验证时使用,包括结合实验、表达测试、热稳定性测量、酶活性测定或蛋白质序列优化。也可用于通过API提交实验、跟踪实验状态、下载结果、利用计算工具(NetSolP、SoluProt、SolubleMPNN、ESM)优化蛋白质序列以提高表达效率,或结合湿实验验证管理蛋白质设计流程。

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arxiv-database

K-Dense Inc.

通过 Atom API 搜索和检索 arXiv 上的预印本。当通过关键词、作者、arXiv ID、日期范围或类别查找物理、数学、计算机科学、定量生物学、定量金融、统计学、电气工程或经济学领域的论文时,请使用此技能。

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anndata

K-Dense Inc.

单细胞分析中注释矩阵的数据结构。在处理.h5ad文件或与scverse生态系统集成时使用。此为数据格式技能——分析流程请使用scanpy;概率模型请使用scvi-tools;群体规模查询请使用cellxgene-census。

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arboreto

K-Dense Inc.

使用可扩展算法(GRNBoost2、GENIE3)从基因表达数据中推断基因调控网络(GRNs)。在分析转录组数据(批量RNA测序、单细胞RNA测序)时使用,以识别转录因子与靶基因的关系及调控相互作用。支持大规模数据集的分布式计算。

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bgpt-paper-search

K-Dense Inc.

通过BGPT MCP服务器搜索科学论文,并从全文研究中提取结构化实验数据。每篇论文返回25多个字段,包括方法、结果、样本量、质量评分和结论。适用于文献综述、证据整合以及查找摘要中无法获取的实验细节。

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biorxiv-database

K-Dense Inc.

适用于 bioRxiv 预印本服务器的高效数据库检索工具。在通过关键词、作者、日期范围或类别搜索生命科学类预印本、获取论文元数据、下载 PDF 或进行文献综述时使用此功能。

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cbioportal-database

K-Dense Inc.

查询 cBioPortal 获取癌症基因组数据,包括数千项癌症研究中的体细胞突变、拷贝数变异、基因表达和生存数据,用于癌症靶点验证、癌基因/抑癌基因分析及患者层面的基因组谱分析。

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cellxgene-census

K-Dense Inc.

以编程方式查询CELLxGENE Census(6100万+细胞)。当您需要从最大规模的 curated 单细胞图谱中获取跨组织、疾病或细胞类型的表达数据时使用。适用于大规模群体查询和参考图谱比较。如需分析您自己的数据,请使用 scanpy 或 scvi-tools。

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cirq

K-Dense Inc.

谷歌量子计算框架。适用于针对谷歌量子AI硬件、设计考虑噪声的电路或运行量子表征实验。最适合谷歌硬件、噪声建模和底层电路设计。对于IBM硬件,请使用Qiskit;对于使用自动微分的量子机器学习,请使用PennyLane;对于物理模拟,请使用QuTiP。

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