系统发育树工具包（ETE）：支持树形结构操作（Newick/NHX）、进化事件检测、直系同源与旁系同源分析、NCBI分类学、可视化（PDF/SVG），适用于系统基因组学。

对超过200种文件格式的科学数据文件进行全方位的探索性数据分析。该技能适用于分析任何科学数据文件，以理解其结构、内容、质量与特征。自动识别文件类型，并生成包含格式特定分析、质量指标及下游分析建议的详细Markdown报告。覆盖化学、生物信息学、显微镜、光谱学、蛋白质组学、代谢组学及通用科学数据格式。

查询 openFDA API，获取药品、医疗器械、不良事件、召回、监管申报（510k、PMA）、物质标识（UNII）等FDA监管数据，用于监管数据分析与安全性研究。

解析FCS（流式细胞术标准）文件v2.0-3.1版本。将事件提取为NumPy数组，读取元数据/通道，并转换为CSV/DataFrame格式，用于流式细胞术数据分析预处理。

基于 Python 的计算流体动力学仿真框架。适用于运行包含纳维-斯托克斯方程（二维/三维）、浅水方程、分层流等的流体动力学仿真，或用于分析湍流、涡旋动力学及地球物理流动。提供基于 FFT 的伪谱方法、高性能计算支持以及全面的输出分析功能。

通过E-utilities/Datasets API查询NCBI Gene。按符号/ID搜索，获取基因信息（RefSeq、GO、位置、表型），支持批量查询，用于基因注释和功能分析。

使用AI模型（FLUX、Nano Banana 2）生成或编辑图像，适用于通用图像生成，包括照片、插图、艺术作品、视觉素材、概念设计等非技术图表或示意图的任何图像。对于流程图、电路图、路径图和技术图表，请使用“科学示意图”技能。

此技能适用于处理基因组区间数据（BED文件）的机器学习任务，可用于训练区域嵌入（Region2Vec、BEDspace）、单细胞ATAC-seq分析（scEmbed）、构建一致峰（universes）或任何基于机器学习的基因组区域分析。适用于BED文件集合、scATAC-seq数据、染色质可及性数据集以及基于区域的基因组特征学习。

访问NCBI GEO获取基因表达/基因组学数据。搜索/下载微阵列和RNA-seq数据集（GSE、GSM、GPL），获取SOFT/矩阵文件，用于转录组学和表达分析。