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bioservices

K-Dense Inc.

统一的 Python 接口,支持 40 多个生物信息学服务。在单个工作流中查询多个数据库(UniProt、KEGG、ChEMBL、Reactome)时使用,API 保持一致。最适合跨数据库分析和跨服务的 ID 映射。如需快速单数据库查询,请使用 gget;如需序列或文件操作,请使用 biopython。

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dask

K-Dense Inc.

用于处理超出内存大小的pandas/NumPy工作流的分布式计算。当您需要将现有的pandas/NumPy代码扩展到超出内存范围或跨集群运行时使用。最适合并行文件处理、分布式机器学习以及与现有pandas代码的集成。若需在单机上进行外存分析,请使用vaex;若需内存内高速运算,请使用polars。

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deepchem

K-Dense Inc.

使用多种特征提取器和预构建数据集的分子机器学习。当您需要丰富的特征提取选项和MoleculeNet基准时,可将其用于性质预测(如ADMET、毒性)与传统机器学习或图神经网络(GNN)结合使用。最适合使用预训练模型和多样分子表示进行快速实验。对于以图为主的PyTorch工作流程,请使用torchdrug;对于基准数据集,请使用pytdc。

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denario

K-Dense Inc.

用于科学研究辅助的多智能体AI系统,可自动化从数据分析到论文发表的研究流程。当需要从数据集中生成研究想法、开发研究方法、执行计算实验、进行文献检索或生成符合发表要求的LaTeX格式论文时,应使用此功能。支持端到端研究流程,并提供可自定义的智能体编排。

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dnanexus-integration

K-Dense Inc.

DNAnexus 云基因组学平台。构建应用程序/小程序、管理数据(上传/下载)、使用 dxpy Python SDK、运行工作流,支持 FASTQ/BAM/VCF 格式,用于基因组学管道的开发与执行。

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edgartools

K-Dense Inc.

用于访问、分析和提取SEC EDGAR申报文件数据的Python库。适用于处理SEC申报文件、财务报表(利润表、资产负债表、现金流量表)、XBRL财务数据、内幕交易(4号表格)、机构持股(13F表格)、公司财务信息、年度/季度报告(10-K、10-Q)、委托书(DEF 14A)、8-K重大事件、按股票代码/CIK/行业筛选公司、多期财务分析或任何SEC监管申报文件。

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flowio

K-Dense Inc.

解析FCS(流式细胞术标准)文件v2.0-3.1版本。将事件提取为NumPy数组,读取元数据/通道,并转换为CSV/DataFrame格式,用于流式细胞术数据分析预处理。

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fluidsim

K-Dense Inc.

基于 Python 的计算流体动力学仿真框架。适用于运行包含纳维-斯托克斯方程(二维/三维)、浅水方程、分层流等的流体动力学仿真,或用于分析湍流、涡旋动力学及地球物理流动。提供基于 FFT 的伪谱方法、高性能计算支持以及全面的输出分析功能。

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