标准单细胞RNA测序分析流程。适用于质量控制、归一化、降维（PCA/UMAP/t-SNE）、聚类、差异表达分析和可视化。最适合采用成熟工作流程的探索性单细胞RNA测序分析。如需使用深度学习模型，请使用scvi-tools；如有关于数据格式的问题，请使用anndata。

使用ScholarEval框架系统性地评估学术成果，从问题提出、方法论、分析和写作等研究质量维度进行结构化评估，并提供量化评分和可操作的反馈意见。

评估科学主张和证据质量，用于评估实验设计的有效性、识别偏倚和混杂因素、应用证据分级框架（如GRADE、Cochrane偏倚风险评估）或教授批判性分析。适用于理解证据质量、发现缺陷。正式的同行评审撰写请使用“同行评审”功能。

生物数据工具包。用于微生物组分析的序列分析、比对、系统发育树、多样性指标（α/β、UniFrac）、排序（PCoA）、PERMANOVA、FASTA/Newick 输入/输出。

使用scikit-survival库在Python中进行生存分析和事件发生时间建模的综合工具包。当处理删失生存数据、执行事件发生时间分析、拟合Cox模型、随机生存森林、梯度提升模型或生存支持向量机、使用一致性指数或Brier评分评估生存预测、处理竞争风险，或使用scikit-survival库实现任何生存分析流程时，请使用此技能。

使用 scVelo 进行 RNA 速度分析：根据未剪接/剪接 mRNA 的动力学估算细胞状态转变，推断轨迹方向，计算潜在时间，并在单细胞 RNA-seq 数据中识别驱动基因。与 Scanpy/scVI-tools 相辅相成，用于轨迹推断。

用于单细胞组学的深度生成模型。当需要概率性批次校正（scVI）、迁移学习、带不确定性差异表达分析或多模态整合（TOTALVI、MultiVI）时使用。最适合高级建模、批次效应和多模态数据。标准分析流程请使用scanpy。

提供指导性的统计分析，包括测试选择与结果报告。适用于需要帮助选择适合的数据检验方法、检验假设、功效分析以及APA格式结果输出的场景，最适合学术研究结果报告和测试选择指导。如需编程实现特定模型，请使用statsmodels。

Python 的统计模型库。当您需要特定模型类别（如 OLS、GLM、混合模型、ARIMA）并附带详细诊断、残差和推断时使用。最适合计量经济学、时间序列分析以及带有系数表格的严谨推断。如需在 APA 报告格式下进行引导式统计检验选择，请使用 statistical-analysis。