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fred-economic-data

K-Dense Inc.

查询FRED(美联储经济数据)API,获取来自100多个来源的80多万条经济时间序列数据。访问国内生产总值、失业率、通货膨胀率、利率、汇率、房地产及区域数据,适用于宏观经济学分析、金融研究、政策研究、经济预测以及需要美国和国际经济指标的学术研究。

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geniml

K-Dense Inc.

此技能适用于处理基因组区间数据(BED文件)的机器学习任务,可用于训练区域嵌入(Region2Vec、BEDspace)、单细胞ATAC-seq分析(scEmbed)、构建一致峰(universes)或任何基于机器学习的基因组区域分析。适用于BED文件集合、scATAC-seq数据、染色质可及性数据集以及基于区域的基因组特征学习。

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geo-database

K-Dense Inc.

访问NCBI GEO获取基因表达/基因组学数据。搜索/下载微阵列和RNA-seq数据集(GSE、GSM、GPL),获取SOFT/矩阵文件,用于转录组学和表达分析。

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gtars

K-Dense Inc.

一个用 Rust 编写的高性能基因组区间分析工具包,附带 Python 绑定。适用于处理基因组区域、BED 文件、覆盖度轨迹、重叠检测、机器学习模型的分词,或计算基因组学和机器学习应用中的片段分析。

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jaspar-database

K-Dense Inc.

查询JASPAR以获取转录因子结合位点(TFBS)特征(PWMs/PFMs)。可通过转录因子名称、物种或类别进行搜索;扫描DNA序列以查找转录因子结合位点;比较基质矩阵;对调控基因组学、基序分析和GWAS调控变异解释至关重要。

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neurokit2

K-Dense Inc.

用于分析包括心电图(ECG)、脑电图(EEG)、皮肤电活动(EDA)、呼吸信号(RSP)、光电容积脉搏波(PPG)、肌电图(EMG)和眼电图(EOG)在内的生理数据的综合性生物信号处理工具包。适用于处理心血管信号、脑活动、皮肤电反应、呼吸模式、肌肉活动或眼动。可用于心率变异性分析、事件相关电位、复杂性衡量、自主神经系统评估、心理生理学研究以及多模态生理信号的整合。

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phylogenetics

K-Dense Inc.

使用MAFFT(多重序列比对)、IQ-TREE 2(最大似然法)和FastTree(快速NJ/ML)构建与分析系统发育树,并通过ETE3或FigTree进行可视化。适用于进化分析、微生物基因组学、病毒系统动力学、蛋白家族分析及分子钟研究。

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pysam

K-Dense Inc.

基因组文件工具包。读取/写入SAM/BAM/CRAM比对结果、VCF/BCF变异、FASTA/FASTQ序列,提取区域,计算覆盖度,适用于NGS数据处理流程。

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