使用MAFFT（多重序列比对）、IQ-TREE 2（最大似然法）和FastTree（快速NJ/ML）构建与分析系统发育树，并通过ETE3或FigTree进行可视化。适用于进化分析、微生物基因组学、病毒系统动力学、蛋白家族分析及分子钟研究。