查询gnomAD(基因组聚集数据库)以获取人群等位基因频率、变异约束评分(pLI、LOEUF)及功能丧失不耐受信息。对于变异致病性解读、罕见病遗传学研究以及识别功能丧失不耐受基因至关重要。
查询gnomAD(基因组聚集数据库)以获取人群等位基因频率、变异约束评分(pLI、LOEUF)及功能丧失不耐受信息。对于变异致病性解读、罕见病遗传学研究以及识别功能丧失不耐受基因至关重要。
查询GTEx(基因型-组织表达)门户,获取组织特异性基因表达、eQTLs(表达数量性状位点)和sQTLs。对于将GWAS变异与基因调控联系起来、理解组织特异性表达以及解读非编码变异的影响至关重要。
查询NHGRI-EBI GWAS目录中的SNP与性状关联信息。通过rs编号、疾病/性状或基因搜索变异,获取P值和汇总统计量,用于遗传流行病学和多基因风险评分。
查询金融研究办公室(OFR)对冲基金监测API,获取对冲基金数据,包括SEC PF表格的聚合统计、商品期货交易委员会(CFTC)金融期货交易者数据、FICC支持的回购交易量以及美联储SCOOS交易商融资条款。获取对冲基金规模、杠杆率、交易对手、流动性、复杂性和风险管理的时间序列数据。无需API密钥或注册。适用于处理对冲基金数据、系统性风险监控、金融稳定研究、对冲基金杠杆或杠杆比率、交易对手集中度、PF表格统计、回购市场数据或OFR金融研究数据。
使用 idc-index 从 NCI 成像数据 Commons 查询和下载公开的癌症影像数据,用于访问大规模的放射学(CT、MR、PET)和病理学数据集,以进行人工智能训练或研究。无需身份验证,可通过元数据查询、在浏览器中可视化并查看许可证。
查询InterPro以获取蛋白质家族、结构域和功能位点的注释。整合了Pfam、PANTHER、PRINTS、SMART、SUPERFAMILY及其他11个成员数据库。适用于蛋白质功能预测、结构域架构分析、进化分类和GO术语映射。
查询JASPAR以获取转录因子结合位点(TFBS)特征(PWMs/PFMs)。可通过转录因子名称、物种或类别进行搜索;扫描DNA序列以查找转录因子结合位点;比较基质矩阵;对调控基因组学、基序分析和GWAS调控变异解释至关重要。
此技能适用于使用LaminDB——一种开源的生物学数据框架,可使数据具备可查询性、可追溯性、可重复性和FAIR原则。适用于管理生物学数据集(如单细胞RNA测序、空间转录组、流式细胞术等)、跟踪计算工作流、使用生物学本体论对数据进行整理与验证、构建数据湖仓,以及确保生物学研究中的数据溯源与可重复性。涵盖数据管理、注释、本体论(基因、细胞类型、疾病、组织)、模式验证、与工作流管理工具(Nextflow、Snakemake)及MLOps平台(Weights & Biases、MLflow)的集成,以及部署策略。
通过 REST API 访问 NIH 代谢组学工作台(4,200 多项研究),查询代谢物、RefMet 命名法、MS/NMR 数据、m/z 搜索、研究元数据,用于代谢组学和生物标志物发现。