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Research & Science v1.0.0

drugbank-database

K-Dense Inc.

访问并分析DrugBank数据库中的全面药物信息,包括药物性质、相互作用、靶点、通路、化学结构和药理数据。当处理药物数据、药物发现研究、药理学研究、药物-药物相互作用分析、靶点鉴定、化学相似性搜索、ADMET预测,或任何需要从DrugBank获取详细药物及药物靶点信息的任务时,应使用此功能。

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geopandas

K-Dense Inc.

一个用于处理地理空间矢量数据的 Python 库,支持 Shapefile、GeoJSON 和 GeoPackage 文件。适用于进行地理数据分析、几何运算、坐标变换、空间连接、叠加分析、伪彩地图绘制,或任何涉及读取/写入/分析矢量地理数据的任务。支持 PostGIS 数据库、交互式地图,以及与 matplotlib、folium 和 cartopy 的集成。适用于缓冲区分析、数据集间空间连接、边界合并、数据裁剪、面积/距离计算、坐标系重投影、地图绘制,以及在不同空间文件格式间转换等任务。

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gget

K-Dense Inc.

快速通过 CLI/Python 查询 20 多个生物信息学数据库,用于快速查找:基因信息、BLAST 搜索、AlphaFold 结构、富集分析。最适合交互式探索和简单查询。如需批处理或高级 BLAST 功能,请使用 Biopython;如需多数据库 Python 工作流,请使用 Bioservices。

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ginkgo-cloud-lab

K-Dense Inc.

在Ginkgo Bioworks云实验室(cloud.ginkgo.bio)上提交和管理协议,该平台是一个基于网页的界面,用于在可重构自动化推车(RACs)上实现自主实验。当用户需要运行无细胞蛋白质表达(验证或优化)、生成荧光像素艺术或与Ginkgo云实验室服务交互时使用。涵盖协议选择、输入准备、定价和订购流程。

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kegg-database

K-Dense Inc.

仅供学术用途的KEGG直接REST API访问。提供通路分析、基因-通路映射、代谢通路、药物相互作用和ID转换功能。对于涉及多个数据库的Python工作流,建议使用bioservices;本工具适用于直接HTTP/REST操作或需要对KEGG进行特定控制的场景。

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matplotlib

K-Dense Inc.

低层级绘图库,支持完全自定义。当您需要对每个绘图元素进行精细控制、创建新型图表类型或与特定科学工作流集成时使用。可导出为 PNG/PDF/SVG 格式以供发表。如需快速生成统计图表,请使用 seaborn;如需交互式图表,请使用 plotly;如需符合期刊风格的出版级多面板图表,请使用 scientific-visualization。

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paper-2-web

K-Dense Inc.

此技能适用于将学术论文转化为宣传和展示格式,包括交互式网站(Paper2Web)、演示视频(Paper2Video)和会议海报(Paper2Poster)。适用于涉及论文传播、会议准备、创建可探索的学术主页、生成视频摘要,或从LaTeX或PDF源文件生成印刷级海报的任务。

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plotly

K-Dense Inc.

交互式可视化库。当您需要悬停信息、缩放、平移或可嵌入网页的图表时使用。最适合用于仪表盘、探索性分析和演示。如需静态出版图表,请使用 matplotlib 或科学可视化工具。

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pyzotero

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使用 pyzotero Python 客户端与 Zotero 参考文献管理库进行交互。通过 Zotero Web API v3 检索、创建、更新和删除条目、集合、标签和附件。在程序化处理 Zotero 库、管理参考文献、导出引文、搜索库内容、上传 PDF 附件或构建与 Zotero 集成的研究自动化工作流时使用此功能。

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