查询Ensembl基因组数据库REST API,涵盖250多种物种,支持基因检索、序列获取、变异分析、比较基因组学、直系同源基因分析和VEP预测,适用于基因组研究。
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一套全面的蛋白质语言模型工具包,包含ESM3(跨序列、结构和功能的生成性多模态蛋白质设计)和ESM C(高效蛋白质嵌入与表示)。在处理蛋白质序列、结构或功能预测、设计新型蛋白质、生成蛋白质嵌入、执行逆向折叠或开展蛋白质工程任务时使用此工具。支持本地模型使用和基于云的Forge API以实现可扩展推理。
对超过200种文件格式的科学数据文件进行全方位的探索性数据分析。该技能适用于分析任何科学数据文件,以理解其结构、内容、质量与特征。自动识别文件类型,并生成包含格式特定分析、质量指标及下游分析建议的详细Markdown报告。覆盖化学、生物信息学、显微镜、光谱学、蛋白质组学、代谢组学及通用科学数据格式。
解析FCS(流式细胞术标准)文件v2.0-3.1版本。将事件提取为NumPy数组,读取元数据/通道,并转换为CSV/DataFrame格式,用于流式细胞术数据分析预处理。
基于 Python 的计算流体动力学仿真框架。适用于运行包含纳维-斯托克斯方程(二维/三维)、浅水方程、分层流等的流体动力学仿真,或用于分析湍流、涡旋动力学及地球物理流动。提供基于 FFT 的伪谱方法、高性能计算支持以及全面的输出分析功能。
访问NCBI GEO获取基因表达/基因组学数据。搜索/下载微阵列和RNA-seq数据集(GSE、GSM、GPL),获取SOFT/矩阵文件,用于转录组学和表达分析。
涵盖遥感、GIS、空间分析、地球观测机器学习及30多个科学领域的综合地理空间科学技能。支持卫星影像处理(哨兵、陆地卫星、MODIS、SAR、高光谱)、矢量与栅格数据操作、空间统计、点云处理、网络分析、云原生工作流(STAC、COG、Planetary Computer),并支持8种编程语言(Python、R、Julia、JavaScript、C++、Java、Go、Rust),提供500多个代码示例。适用于遥感工作流、GIS分析、空间机器学习、地球观测数据处理、地形分析、水文建模、海洋空间分析、大气科学及任何地理空间计算任务。
一个用于处理地理空间矢量数据的 Python 库,支持 Shapefile、GeoJSON 和 GeoPackage 文件。适用于进行地理数据分析、几何运算、坐标变换、空间连接、叠加分析、伪彩地图绘制,或任何涉及读取/写入/分析矢量地理数据的任务。支持 PostGIS 数据库、交互式地图,以及与 matplotlib、folium 和 cartopy 的集成。适用于缓冲区分析、数据集间空间连接、边界合并、数据裁剪、面积/距离计算、坐标系重投影、地图绘制,以及在不同空间文件格式间转换等任务。
在开始任何计算密集型科学任务之前,应使用此技能来检测并报告可用的系统资源(CPU核心、GPU、内存、磁盘空间)。它会生成一个包含资源信息和策略性建议的JSON文件,以指导计算方法的选择,例如是否使用并行处理(joblib、multiprocessing)、外存计算(Dask、Zarr)、GPU加速(PyTorch、JAX)或内存高效策略。在运行分析、训练模型、处理大型数据集或任何受资源限制影响的任务之前,请先使用此技能。