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geomaster

K-Dense Inc.

涵盖遥感、GIS、空间分析、地球观测机器学习及30多个科学领域的综合地理空间科学技能。支持卫星影像处理(哨兵、陆地卫星、MODIS、SAR、高光谱)、矢量与栅格数据操作、空间统计、点云处理、网络分析、云原生工作流(STAC、COG、Planetary Computer),并支持8种编程语言(Python、R、Julia、JavaScript、C++、Java、Go、Rust),提供500多个代码示例。适用于遥感工作流、GIS分析、空间机器学习、地球观测数据处理、地形分析、水文建模、海洋空间分析、大气科学及任何地理空间计算任务。

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gget

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快速通过 CLI/Python 查询 20 多个生物信息学数据库,用于快速查找:基因信息、BLAST 搜索、AlphaFold 结构、富集分析。最适合交互式探索和简单查询。如需批处理或高级 BLAST 功能,请使用 Biopython;如需多数据库 Python 工作流,请使用 Bioservices。

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ginkgo-cloud-lab

K-Dense Inc.

在Ginkgo Bioworks云实验室(cloud.ginkgo.bio)上提交和管理协议,该平台是一个基于网页的界面,用于在可重构自动化推车(RACs)上实现自主实验。当用户需要运行无细胞蛋白质表达(验证或优化)、生成荧光像素艺术或与Ginkgo云实验室服务交互时使用。涵盖协议选择、输入准备、定价和订购流程。

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kegg-database

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仅供学术用途的KEGG直接REST API访问。提供通路分析、基因-通路映射、代谢通路、药物相互作用和ID转换功能。对于涉及多个数据库的Python工作流,建议使用bioservices;本工具适用于直接HTTP/REST操作或需要对KEGG进行特定控制的场景。

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lamindb

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此技能适用于使用LaminDB——一种开源的生物学数据框架,可使数据具备可查询性、可追溯性、可重复性和FAIR原则。适用于管理生物学数据集(如单细胞RNA测序、空间转录组、流式细胞术等)、跟踪计算工作流、使用生物学本体论对数据进行整理与验证、构建数据湖仓,以及确保生物学研究中的数据溯源与可重复性。涵盖数据管理、注释、本体论(基因、细胞类型、疾病、组织)、模式验证、与工作流管理工具(Nextflow、Snakemake)及MLOps平台(Weights & Biases、MLflow)的集成,以及部署策略。

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latchbio-integration

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生物信息学工作流的锁扣平台。使用 Latch SDK、@workflow/@task 装饰器构建流水线,部署无服务器工作流,支持 LatchFile/LatchDir,集成 Nextflow/Snakemake。

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matplotlib

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低层级绘图库,支持完全自定义。当您需要对每个绘图元素进行精细控制、创建新型图表类型或与特定科学工作流集成时使用。可导出为 PNG/PDF/SVG 格式以供发表。如需快速生成统计图表,请使用 seaborn;如需交互式图表,请使用 plotly;如需符合期刊风格的出版级多面板图表,请使用 scientific-visualization。

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