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arboreto

K-Dense Inc.

使用可扩展算法(GRNBoost2、GENIE3)从基因表达数据中推断基因调控网络(GRNs)。在分析转录组数据(批量RNA测序、单细胞RNA测序)时使用,以识别转录因子与靶基因的关系及调控相互作用。支持大规模数据集的分布式计算。

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Research & Science v1.0.0

为制药和临床研究环境生成专业的临床决策支持(CDS)文档,包括患者队列分析(按生物标志物分层并结合结局)和治疗推荐报告(基于证据的指南与决策算法)。支持GRADE证据分级、统计分析(风险比、生存曲线、瀑布图)、生物标志物整合及监管合规性。输出专为药物研发、临床研究和证据综合优化的可直接发表的LaTeX/PDF格式。

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clinical-reports

K-Dense Inc.

撰写全面的临床报告,包括病例报告(CARE指南)、诊断报告(影像学/病理学/实验室)、临床试验报告(ICH-E3、SAE、CSR)以及患者文档(SOAP、病史与体格检查、出院总结)。提供完整的模板支持、法规合规性(HIPAA、FDA、ICH-GCP)和验证工具。

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denario

K-Dense Inc.

用于科学研究辅助的多智能体AI系统,可自动化从数据分析到论文发表的研究流程。当需要从数据集中生成研究想法、开发研究方法、执行计算实验、进行文献检索或生成符合发表要求的LaTeX格式论文时,应使用此功能。支持端到端研究流程,并提供可自定义的智能体编排。

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ena-database

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通过API/FTP访问欧洲核苷酸档案库,按 accession 获取DNA/RNA序列、原始测序数据(FASTQ)和基因组组装结果,用于基因组学和生物信息学流程。支持多种格式。

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esm

K-Dense Inc.

一套全面的蛋白质语言模型工具包,包含ESM3(跨序列、结构和功能的生成性多模态蛋白质设计)和ESM C(高效蛋白质嵌入与表示)。在处理蛋白质序列、结构或功能预测、设计新型蛋白质、生成蛋白质嵌入、执行逆向折叠或开展蛋白质工程任务时使用此工具。支持本地模型使用和基于云的Forge API以实现可扩展推理。

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fluidsim

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基于 Python 的计算流体动力学仿真框架。适用于运行包含纳维-斯托克斯方程(二维/三维)、浅水方程、分层流等的流体动力学仿真,或用于分析湍流、涡旋动力学及地球物理流动。提供基于 FFT 的伪谱方法、高性能计算支持以及全面的输出分析功能。

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geomaster

K-Dense Inc.

涵盖遥感、GIS、空间分析、地球观测机器学习及30多个科学领域的综合地理空间科学技能。支持卫星影像处理(哨兵、陆地卫星、MODIS、SAR、高光谱)、矢量与栅格数据操作、空间统计、点云处理、网络分析、云原生工作流(STAC、COG、Planetary Computer),并支持8种编程语言(Python、R、Julia、JavaScript、C++、Java、Go、Rust),提供500多个代码示例。适用于遥感工作流、GIS分析、空间机器学习、地球观测数据处理、地形分析、水文建模、海洋空间分析、大气科学及任何地理空间计算任务。

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geopandas

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一个用于处理地理空间矢量数据的 Python 库,支持 Shapefile、GeoJSON 和 GeoPackage 文件。适用于进行地理数据分析、几何运算、坐标变换、空间连接、叠加分析、伪彩地图绘制,或任何涉及读取/写入/分析矢量地理数据的任务。支持 PostGIS 数据库、交互式地图,以及与 matplotlib、folium 和 cartopy 的集成。适用于缓冲区分析、数据集间空间连接、边界合并、数据裁剪、面积/距离计算、坐标系重投影、地图绘制,以及在不同空间文件格式间转换等任务。

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