快速通过 CLI/Python 查询 20 多个生物信息学数据库，用于快速查找：基因信息、BLAST 搜索、AlphaFold 结构、富集分析。最适合交互式探索和简单查询。如需批处理或高级 BLAST 功能，请使用 Biopython；如需多数据库 Python 工作流，请使用 Bioservices。

轻量级 WSI 切片提取与预处理。适用于基础切片处理，如组织检测、切片提取和 H&E 图像的染色归一化。最适合简单流程、数据集准备和快速基于切片的分析。如需进行高级空间蛋白质组学、多重成像或深度学习流程，请使用 pathml。

功能全面的计算病理学工具包，适用于高级WSI分析，包括多重免疫荧光（CODEX、Vectra）、细胞核分割、组织图构建以及病理数据的机器学习模型训练。支持160多种切片格式。如需从H&E切片中简单提取图像块，histolab可能更便捷。

供应商中立的实验室自动化框架。适用于控制多种设备类型（如Hamilton、Tecan、Opentrons、酶标仪、泵）或需要跨不同供应商实现统一编程的场景。最适合复杂工作流程、多供应商配置及仿真环境。若仅使用Opentrons设备且有官方API，采用opentrons-integration可能更简单。

完整的质谱分析平台，适用于蛋白质组学工作流程中的特征检测、肽段鉴定、蛋白质定量和复杂的液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）流程。支持多种文件格式和算法，最适合蛋白质组学和全面的质谱数据处理。如需简单的谱图比较或代谢物鉴定，请使用matchms。