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adaptyv

K-Dense Inc.

用于自动化蛋白质检测与验证的云实验室平台。在设计蛋白质并需要实验验证时使用,包括结合实验、表达测试、热稳定性测量、酶活性测定或蛋白质序列优化。也可用于通过API提交实验、跟踪实验状态、下载结果、利用计算工具(NetSolP、SoluProt、SolubleMPNN、ESM)优化蛋白质序列以提高表达效率,或结合湿实验验证管理蛋白质设计流程。

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anndata

K-Dense Inc.

单细胞分析中注释矩阵的数据结构。在处理.h5ad文件或与scverse生态系统集成时使用。此为数据格式技能——分析流程请使用scanpy;概率模型请使用scvi-tools;群体规模查询请使用cellxgene-census。

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biopython

K-Dense Inc.

全面的分子生物学工具包。用于序列操作、文件解析(FASTA/GenBank/PDB)、系统发育分析以及编程访问NCBI/PubMed(Bio.Entrez)。最适合批量处理、自定义生物信息学流程和BLAST自动化。如需快速查询,请使用gget;如需多服务集成,请使用bioservices。

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biorxiv-database

K-Dense Inc.

适用于 bioRxiv 预印本服务器的高效数据库检索工具。在通过关键词、作者、日期范围或类别搜索生命科学类预印本、获取论文元数据、下载 PDF 或进行文献综述时使用此功能。

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cellxgene-census

K-Dense Inc.

以编程方式查询CELLxGENE Census(6100万+细胞)。当您需要从最大规模的 curated 单细胞图谱中获取跨组织、疾病或细胞类型的表达数据时使用。适用于大规模群体查询和参考图谱比较。如需分析您自己的数据,请使用 scanpy 或 scvi-tools。

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clinical-reports

K-Dense Inc.

撰写全面的临床报告,包括病例报告(CARE指南)、诊断报告(影像学/病理学/实验室)、临床试验报告(ICH-E3、SAE、CSR)以及患者文档(SOAP、病史与体格检查、出院总结)。提供完整的模板支持、法规合规性(HIPAA、FDA、ICH-GCP)和验证工具。

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deeptools

K-Dense Inc.

NGS分析工具包。支持BAM转bigWig、质量控制(相关性、PCA、指纹图谱)、热图/轮廓图(TSS、峰位),用于ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq的可视化。

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edgartools

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用于访问、分析和提取SEC EDGAR申报文件数据的Python库。适用于处理SEC申报文件、财务报表(利润表、资产负债表、现金流量表)、XBRL财务数据、内幕交易(4号表格)、机构持股(13F表格)、公司财务信息、年度/季度报告(10-K、10-Q)、委托书(DEF 14A)、8-K重大事件、按股票代码/CIK/行业筛选公司、多期财务分析或任何SEC监管申报文件。

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esm

K-Dense Inc.

一套全面的蛋白质语言模型工具包,包含ESM3(跨序列、结构和功能的生成性多模态蛋白质设计)和ESM C(高效蛋白质嵌入与表示)。在处理蛋白质序列、结构或功能预测、设计新型蛋白质、生成蛋白质嵌入、执行逆向折叠或开展蛋白质工程任务时使用此工具。支持本地模型使用和基于云的Forge API以实现可扩展推理。

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