系统发育树工具包（ETE）：支持树形结构操作（Newick/NHX）、进化事件检测、直系同源与旁系同源分析、NCBI分类学、可视化（PDF/SVG），适用于系统基因组学。

快速通过 CLI/Python 查询 20 多个生物信息学数据库，用于快速查找：基因信息、BLAST 搜索、AlphaFold 结构、富集分析。最适合交互式探索和简单查询。如需批处理或高级 BLAST 功能，请使用 Biopython；如需多数据库 Python 工作流，请使用 Bioservices。

分析并工程化蛋白质糖基化。扫描序列中的N-糖基化位点（N-X-S/T），预测O-糖基化热点，并访问经过整理的糖工程工具（NetOGlyc、GlycoShield、GlycoWorkbench），用于糖蛋白工程、治疗性抗体优化和疫苗设计。

一个用 Rust 编写的高性能基因组区间分析工具包，附带 Python 绑定。适用于处理基因组区域、BED 文件、覆盖度轨迹、重叠检测、机器学习模型的分词，或计算基因组学和机器学习应用中的片段分析。

专为医疗器械质量管理体系ISO 13485认证文件准备的综合工具包。当用户需要协助完成ISO 13485 QMS文件工作时使用，包括：（1）对现有文件进行差距分析；（2）编制质量手册；（3）制定所需程序和作业指导书；（4）准备医疗器械档案；（5）理解ISO 13485要求；或（6）识别医疗器械认证所需的缺失文件。当用户提及医疗器械法规、QMS认证、FDA QMSR、欧盟MDR，或需要协助编制质量体系文件时，也请使用本工具包。

电子实验笔记本API集成。访问笔记本、管理条目/附件、备份笔记本，与Protocols.io/Jupyter/REDCap集成，实现编程化的ELN工作流程。

一个功能全面的工具包，用于在 Python 中创建、分析和可视化复杂网络与图。适用于处理网络/图数据结构、分析实体间的关联、计算图算法（最短路径、中心性、聚类）、检测社区结构、生成合成网络或可视化网络拓扑结构。适用于社交网络、生物网络、交通系统、引文网络以及任何涉及成对关系的领域。

用于分析包括心电图（ECG）、脑电图（EEG）、皮肤电活动（EDA）、呼吸信号（RSP）、光电容积脉搏波（PPG）、肌电图（EMG）和眼电图（EOG）在内的生理数据的综合性生物信号处理工具包。适用于处理心血管信号、脑活动、皮肤电反应、呼吸模式、肌肉活动或眼动。可用于心率变异性分析、事件相关电位、复杂性衡量、自主神经系统评估、心理生理学研究以及多模态生理信号的整合。

功能全面的计算病理学工具包，适用于高级WSI分析，包括多重免疫荧光（CODEX、Vectra）、细胞核分割、组织图构建以及病理数据的机器学习模型训练。支持160多种切片格式。如需从H&E切片中简单提取图像块，histolab可能更便捷。