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Research & Science v1.0.0

drugbank-database

K-Dense Inc.

访问并分析DrugBank数据库中的全面药物信息,包括药物性质、相互作用、靶点、通路、化学结构和药理数据。当处理药物数据、药物发现研究、药理学研究、药物-药物相互作用分析、靶点鉴定、化学相似性搜索、ADMET预测,或任何需要从DrugBank获取详细药物及药物靶点信息的任务时,应使用此功能。

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ena-database

K-Dense Inc.

通过API/FTP访问欧洲核苷酸档案库,按 accession 获取DNA/RNA序列、原始测序数据(FASTQ)和基因组组装结果,用于基因组学和生物信息学流程。支持多种格式。

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Research & Science v1.0.0

ensembl-database

K-Dense Inc.

查询Ensembl基因组数据库REST API,涵盖250多种物种,支持基因检索、序列获取、变异分析、比较基因组学、直系同源基因分析和VEP预测,适用于基因组研究。

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esm

K-Dense Inc.

一套全面的蛋白质语言模型工具包,包含ESM3(跨序列、结构和功能的生成性多模态蛋白质设计)和ESM C(高效蛋白质嵌入与表示)。在处理蛋白质序列、结构或功能预测、设计新型蛋白质、生成蛋白质嵌入、执行逆向折叠或开展蛋白质工程任务时使用此工具。支持本地模型使用和基于云的Forge API以实现可扩展推理。

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fda-database

K-Dense Inc.

查询 openFDA API,获取药品、医疗器械、不良事件、召回、监管申报(510k、PMA)、物质标识(UNII)等FDA监管数据,用于监管数据分析与安全性研究。

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gene-database

K-Dense Inc.

通过E-utilities/Datasets API查询NCBI Gene。按符号/ID搜索,获取基因信息(RefSeq、GO、位置、表型),支持批量查询,用于基因注释和功能分析。

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geniml

K-Dense Inc.

此技能适用于处理基因组区间数据(BED文件)的机器学习任务,可用于训练区域嵌入(Region2Vec、BEDspace)、单细胞ATAC-seq分析(scEmbed)、构建一致峰(universes)或任何基于机器学习的基因组区域分析。适用于BED文件集合、scATAC-seq数据、染色质可及性数据集以及基于区域的基因组特征学习。

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geo-database

K-Dense Inc.

访问NCBI GEO获取基因表达/基因组学数据。搜索/下载微阵列和RNA-seq数据集(GSE、GSM、GPL),获取SOFT/矩阵文件,用于转录组学和表达分析。

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geopandas

K-Dense Inc.

一个用于处理地理空间矢量数据的 Python 库,支持 Shapefile、GeoJSON 和 GeoPackage 文件。适用于进行地理数据分析、几何运算、坐标变换、空间连接、叠加分析、伪彩地图绘制,或任何涉及读取/写入/分析矢量地理数据的任务。支持 PostGIS 数据库、交互式地图,以及与 matplotlib、folium 和 cartopy 的集成。适用于缓冲区分析、数据集间空间连接、边界合并、数据裁剪、面积/距离计算、坐标系重投影、地图绘制,以及在不同空间文件格式间转换等任务。

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