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Research & Science v1.0.0

imaging-data-commons

K-Dense Inc.

使用 idc-index 从 NCI 成像数据 Commons 查询和下载公开的癌症影像数据,用于访问大规模的放射学(CT、MR、PET)和病理学数据集,以进行人工智能训练或研究。无需身份验证,可通过元数据查询、在浏览器中可视化并查看许可证。

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infographics

K-Dense Inc.

使用 Nano Banana Pro AI 创建专业信息图表,具备智能迭代优化功能。采用 Gemini 3 Pro 进行质量审查,整合研究检索与网页搜索以确保数据准确。支持 10 种信息图表类型、8 种行业风格,以及色盲安全配色方案。

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jaspar-database

K-Dense Inc.

查询JASPAR以获取转录因子结合位点(TFBS)特征(PWMs/PFMs)。可通过转录因子名称、物种或类别进行搜索;扫描DNA序列以查找转录因子结合位点;比较基质矩阵;对调控基因组学、基序分析和GWAS调控变异解释至关重要。

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lamindb

K-Dense Inc.

此技能适用于使用LaminDB——一种开源的生物学数据框架,可使数据具备可查询性、可追溯性、可重复性和FAIR原则。适用于管理生物学数据集(如单细胞RNA测序、空间转录组、流式细胞术等)、跟踪计算工作流、使用生物学本体论对数据进行整理与验证、构建数据湖仓,以及确保生物学研究中的数据溯源与可重复性。涵盖数据管理、注释、本体论(基因、细胞类型、疾病、组织)、模式验证、与工作流管理工具(Nextflow、Snakemake)及MLOps平台(Weights & Biases、MLflow)的集成,以及部署策略。

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latex-posters

K-Dense Inc.

使用 beamerposter、tikzposter 或 baposter 在 LaTeX 中创建专业研究展板,支持学术会议展示、学术海报和科学交流。包含版式设计、配色方案、多栏格式、图表整合以及专为视觉传播设计的展板最佳实践。

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literature-review

K-Dense Inc.

使用多个学术数据库(如PubMed、arXiv、bioRxiv、Semantic Scholar等)进行全方位、系统性的文献综述。此技能适用于开展系统性文献综述、元分析、研究整合或跨生物医学、科学与技术领域的全面文献检索。能够创建格式专业、引用经过核实的Markdown文档和PDF文件,支持多种引用格式(如APA、Nature、Vancouver等)。

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生成长达50页以上的综合性市场研究报告,风格媲美顶级咨询公司(麦肯锡、BCG、Gartner)。具备专业LaTeX排版、通过scientific-schematics和generate-image生成大量可视化图表、深度集成research-lookup进行数据收集,并运用多种战略分析框架,包括波特五力模型、PESTLE分析、SWOT分析、TAM/SAM/SOM分析以及波士顿矩阵。

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matchms

K-Dense Inc.

用于代谢组学的光谱相似性分析与化合物鉴定。适用于比较质谱、计算相似性得分(余弦相似度、修正余弦相似度)以及从光谱库中识别未知化合物。最适合代谢物鉴定、光谱匹配和库搜索。如需完整的LC-MS/MS蛋白组学分析流程,请使用pyopenms。

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