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networkx

K-Dense Inc.

一个功能全面的工具包,用于在 Python 中创建、分析和可视化复杂网络与图。适用于处理网络/图数据结构、分析实体间的关联、计算图算法(最短路径、中心性、聚类)、检测社区结构、生成合成网络或可视化网络拓扑结构。适用于社交网络、生物网络、交通系统、引文网络以及任何涉及成对关系的领域。

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neurokit2

K-Dense Inc.

用于分析包括心电图(ECG)、脑电图(EEG)、皮肤电活动(EDA)、呼吸信号(RSP)、光电容积脉搏波(PPG)、肌电图(EMG)和眼电图(EOG)在内的生理数据的综合性生物信号处理工具包。适用于处理心血管信号、脑活动、皮肤电反应、呼吸模式、肌肉活动或眼动。可用于心率变异性分析、事件相关电位、复杂性衡量、自主神经系统评估、心理生理学研究以及多模态生理信号的整合。

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neuropixels-analysis

K-Dense Inc.

Neuropixels 神经记录分析。加载 SpikeGLX/OpenEphys 数据,进行预处理、运动校正、Kilosort4 神经元放电排序、质量评估、Allen/IBL 筛选、AI辅助视觉分析,适用于 Neuropixels 1.0/2.0 细胞外电生理学研究。在处理神经记录、放电排序、细胞外电生理数据,或用户提及 Neuropixels、SpikeGLX、Open Ephys、Kilosort、质量评估或单位筛选时使用。

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open-notebook

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Google NotebookLM 的自托管开源替代品,支持AI驱动的研究与文档分析。适用于将研究资料整理成笔记本、导入多种内容来源(PDF、视频、音频、网页、Office文档),生成AI驱动的笔记与摘要,从研究内容创建多说话者播客,通过上下文感知AI与文档对话,利用全文和向量搜索跨材料检索,或运行自定义内容转换。支持包括OpenAI、Anthropic、Google、Ollama、Groq和Mistral在内的16种以上AI服务商,并通过自托管确保完全的数据隐私。

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openalex-database

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使用OpenAlex数据库查询和分析学术文献。当需要搜索学术论文、分析研究趋势、查找作者或机构的作品、追踪引用、发现开放获取出版物或对超过2.4亿篇学术作品进行文献计量分析时,请使用本技能。适用于文献检索、研究成果分析、引用分析和学术数据库查询。

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pdb-database

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访问 RCSB PDB 获取三维蛋白质/核酸结构。通过文本、序列或结构进行搜索,下载坐标(PDB/mmCIF),检索元数据,用于结构生物学和药物发现。

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pathml

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功能全面的计算病理学工具包,适用于高级WSI分析,包括多重免疫荧光(CODEX、Vectra)、细胞核分割、组织图构建以及病理数据的机器学习模型训练。支持160多种切片格式。如需从H&E切片中简单提取图像块,histolab可能更便捷。

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