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polars

K-Dense Inc.

适用于内存中数据集的高性能内存DataFrame库。当pandas速度过慢但数据仍可放入内存时使用。采用惰性求值、并行执行和Apache Arrow后端,最适合1-100GB的数据集、ETL管道,可作为pandas的更快替代方案。对于超过内存容量的数据,请使用dask或vaex。

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primekg

K-Dense Inc.

查询精准医学知识图谱(PrimeKG),获取包括基因、药物、疾病、表型等在内的多尺度生物数据。

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pubchem-database

K-Dense Inc.

通过 PUG-REST API/PubChemPy 查询 PubChem(1.1 亿多种化合物)。按名称/CID/SMILES 搜索,获取物性、相似性/子结构搜索、生物活性等信息,用于化学信息学。

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pubmed-database

K-Dense Inc.

直接通过 REST API 访问 PubMed。支持高级布尔/MeSH 查询、E-utilities API、批量处理和引文管理。适用于 Python 工作流时,建议使用 BioPython(Bio.Entrez)。本工具适用于直接的 HTTP/REST 操作或自定义 API 实现。

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pydicom

K-Dense Inc.

用于处理DICOM(医学数字成像和通信)文件的Python库。当需要读取、写入或修改DICOM格式的医学影像数据,从医学影像(CT、MRI、X射线、超声)中提取像素数据,匿名化DICOM文件,处理DICOM元数据和标签,将DICOM图像转换为其他格式,处理压缩的DICOM数据,或处理医学影像数据集时,可使用此技能。适用于涉及医学影像分析、PACS系统、放射科工作流程和医疗影像应用的任务。

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pyhealth

K-Dense Inc.

用于开发、测试和部署临床数据机器学习模型的综合性医疗人工智能工具包。当处理电子健康记录(EHR)、临床预测任务(死亡率、再入院、药物推荐)、医学编码系统(ICD、NDC、ATC)、生理信号(EEG、ECG)、医疗数据集(MIMIC-III/IV、eICU、OMOP)或为医疗应用实现深度学习模型(如RETAIN、SafeDrug、Transformer、GNN)时,应使用此技能。

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pyopenms

K-Dense Inc.

完整的质谱分析平台,适用于蛋白质组学工作流程中的特征检测、肽段鉴定、蛋白质定量和复杂的液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)流程。支持多种文件格式和算法,最适合蛋白质组学和全面的质谱数据处理。如需简单的谱图比较或代谢物鉴定,请使用matchms。

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pysam

K-Dense Inc.

基因组文件工具包。读取/写入SAM/BAM/CRAM比对结果、VCF/BCF变异、FASTA/FASTQ序列,提取区域,计算覆盖度,适用于NGS数据处理流程。

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pytdc

K-Dense Inc.

治疗数据commons:AI就绪的药物发现数据集(ADME、毒性、DTI)、基准测试、骨架拆分、分子预测模型,用于治疗学机器学习和药理预测。

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