使用 OpenMM 和 MDAnalysis 运行并分析分子动力学模拟。搭建蛋白质/小分子体系，定义力场，执行能量最小化和分子动力学生产模拟，分析轨迹（RMSD、RMSF、接触图、自由能表面），适用于结构生物学、药物结合和生物物理学研究。