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anndata

K-Dense Inc.

单细胞分析中注释矩阵的数据结构。在处理.h5ad文件或与scverse生态系统集成时使用。此为数据格式技能——分析流程请使用scanpy;概率模型请使用scvi-tools;群体规模查询请使用cellxgene-census。

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cellxgene-census

K-Dense Inc.

以编程方式查询CELLxGENE Census(6100万+细胞)。当您需要从最大规模的 curated 单细胞图谱中获取跨组织、疾病或细胞类型的表达数据时使用。适用于大规模群体查询和参考图谱比较。如需分析您自己的数据,请使用 scanpy 或 scvi-tools。

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datacommons-client

K-Dense Inc.

与 Data Commons 平台合作,该平台提供对全球来源公共统计数据的程序化访问。在处理人口数据、经济指标、健康统计、环境数据或通过 Data Commons 可用的任何公共数据集时使用此技能。适用于查询人口统计信息、GDP 数据、失业率、疾病患病率、地理实体解析以及探索统计实体之间的关系。

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gnomad-database

K-Dense Inc.

查询gnomAD(基因组聚集数据库)以获取人群等位基因频率、变异约束评分(pLI、LOEUF)及功能丧失不耐受信息。对于变异致病性解读、罕见病遗传学研究以及识别功能丧失不耐受基因至关重要。

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tiledbvcf

K-Dense Inc.

使用 TileDB 高效存储和检索基因组变异数据,支持可扩展的 VCF/BCF 数据导入、增量样本添加、压缩存储、并行查询以及群体基因组学的导出功能。

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