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Research & Science v1.0.0

pydicom

K-Dense Inc.

用于处理DICOM(医学数字成像和通信)文件的Python库。当需要读取、写入或修改DICOM格式的医学影像数据,从医学影像(CT、MRI、X射线、超声)中提取像素数据,匿名化DICOM文件,处理DICOM元数据和标签,将DICOM图像转换为其他格式,处理压缩的DICOM数据,或处理医学影像数据集时,可使用此技能。适用于涉及医学影像分析、PACS系统、放射科工作流程和医疗影像应用的任务。

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pyhealth

K-Dense Inc.

用于开发、测试和部署临床数据机器学习模型的综合性医疗人工智能工具包。当处理电子健康记录(EHR)、临床预测任务(死亡率、再入院、药物推荐)、医学编码系统(ICD、NDC、ATC)、生理信号(EEG、ECG)、医疗数据集(MIMIC-III/IV、eICU、OMOP)或为医疗应用实现深度学习模型(如RETAIN、SafeDrug、Transformer、GNN)时,应使用此技能。

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pylabrobot

K-Dense Inc.

供应商中立的实验室自动化框架。适用于控制多种设备类型(如Hamilton、Tecan、Opentrons、酶标仪、泵)或需要跨不同供应商实现统一编程的场景。最适合复杂工作流程、多供应商配置及仿真环境。若仅使用Opentrons设备且有官方API,采用opentrons-integration可能更简单。

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pymc

K-Dense Inc.

使用 PyMC 进行贝叶斯建模:构建分层模型、MCMC(NUTS)、变分推断、LOO/WAIC 比较、后验检验,用于概率编程与推断。

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pyopenms

K-Dense Inc.

完整的质谱分析平台,适用于蛋白质组学工作流程中的特征检测、肽段鉴定、蛋白质定量和复杂的液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)流程。支持多种文件格式和算法,最适合蛋白质组学和全面的质谱数据处理。如需简单的谱图比较或代谢物鉴定,请使用matchms。

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pysam

K-Dense Inc.

基因组文件工具包。读取/写入SAM/BAM/CRAM比对结果、VCF/BCF变异、FASTA/FASTQ序列,提取区域,计算覆盖度,适用于NGS数据处理流程。

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pytdc

K-Dense Inc.

治疗数据commons:AI就绪的药物发现数据集(ADME、毒性、DTI)、基准测试、骨架拆分、分子预测模型,用于治疗学机器学习和药理预测。

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