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ensembl-database

K-Dense Inc.

查询Ensembl基因组数据库REST API,涵盖250多种物种,支持基因检索、序列获取、变异分析、比较基因组学、直系同源基因分析和VEP预测,适用于基因组研究。

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fred-economic-data

K-Dense Inc.

查询FRED(美联储经济数据)API,获取来自100多个来源的80多万条经济时间序列数据。访问国内生产总值、失业率、通货膨胀率、利率、汇率、房地产及区域数据,适用于宏观经济学分析、金融研究、政策研究、经济预测以及需要美国和国际经济指标的学术研究。

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kegg-database

K-Dense Inc.

仅供学术用途的KEGG直接REST API访问。提供通路分析、基因-通路映射、代谢通路、药物相互作用和ID转换功能。对于涉及多个数据库的Python工作流,建议使用bioservices;本工具适用于直接HTTP/REST操作或需要对KEGG进行特定控制的场景。

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pubchem-database

K-Dense Inc.

通过 PUG-REST API/PubChemPy 查询 PubChem(1.1 亿多种化合物)。按名称/CID/SMILES 搜索,获取物性、相似性/子结构搜索、生物活性等信息,用于化学信息学。

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pubmed-database

K-Dense Inc.

直接通过 REST API 访问 PubMed。支持高级布尔/MeSH 查询、E-utilities API、批量处理和引文管理。适用于 Python 工作流时,建议使用 BioPython(Bio.Entrez)。本工具适用于直接的 HTTP/REST 操作或自定义 API 实现。

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scikit-survival

K-Dense Inc.

使用scikit-survival库在Python中进行生存分析和事件发生时间建模的综合工具包。当处理删失生存数据、执行事件发生时间分析、拟合Cox模型、随机生存森林、梯度提升模型或生存支持向量机、使用一致性指数或Brier评分评估生存预测、处理竞争风险,或使用scikit-survival库实现任何生存分析流程时,请使用此技能。

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shap

K-Dense Inc.

使用SHAP(SHapley Additive exPlanations)进行模型可解释性和可解释性分析。在解释机器学习模型预测、计算特征重要性、生成SHAP图(瀑布图、蜜蜂群图、条形图、散点图、力图、热力图)、调试模型、分析模型偏差或公平性、比较模型或实现可解释AI时使用此技能。适用于基于树的模型(XGBoost、LightGBM、随机森林)、深度学习(TensorFlow、PyTorch)、线性模型以及任何黑箱模型。

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