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networkx

K-Dense Inc.

一个功能全面的工具包,用于在 Python 中创建、分析和可视化复杂网络与图。适用于处理网络/图数据结构、分析实体间的关联、计算图算法(最短路径、中心性、聚类)、检测社区结构、生成合成网络或可视化网络拓扑结构。适用于社交网络、生物网络、交通系统、引文网络以及任何涉及成对关系的领域。

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neuropixels-analysis

K-Dense Inc.

Neuropixels 神经记录分析。加载 SpikeGLX/OpenEphys 数据,进行预处理、运动校正、Kilosort4 神经元放电排序、质量评估、Allen/IBL 筛选、AI辅助视觉分析,适用于 Neuropixels 1.0/2.0 细胞外电生理学研究。在处理神经记录、放电排序、细胞外电生理数据,或用户提及 Neuropixels、SpikeGLX、Open Ephys、Kilosort、质量评估或单位筛选时使用。

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open-notebook

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Google NotebookLM 的自托管开源替代品,支持AI驱动的研究与文档分析。适用于将研究资料整理成笔记本、导入多种内容来源(PDF、视频、音频、网页、Office文档),生成AI驱动的笔记与摘要,从研究内容创建多说话者播客,通过上下文感知AI与文档对话,利用全文和向量搜索跨材料检索,或运行自定义内容转换。支持包括OpenAI、Anthropic、Google、Ollama、Groq和Mistral在内的16种以上AI服务商,并通过自托管确保完全的数据隐私。

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openalex-database

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使用OpenAlex数据库查询和分析学术文献。当需要搜索学术论文、分析研究趋势、查找作者或机构的作品、追踪引用、发现开放获取出版物或对超过2.4亿篇学术作品进行文献计量分析时,请使用本技能。适用于文献检索、研究成果分析、引用分析和学术数据库查询。

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pdb-database

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访问 RCSB PDB 获取三维蛋白质/核酸结构。通过文本、序列或结构进行搜索,下载坐标(PDB/mmCIF),检索元数据,用于结构生物学和药物发现。

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peer-review

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基于清单的结构化稿件/基金评审。适用于撰写有明确标准的正式同行评审,涵盖方法学评估、统计有效性、报告规范符合性(CONSORT/STROBE)及建设性反馈。最适合实际评审撰写与稿件修订。评估主张与证据质量请使用“科学批判性思维”;如需定量评分框架,请使用“学者评估”。

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pennylane

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一种与硬件无关的量子机器学习框架,支持自动微分。适用于通过梯度训练量子电路、构建混合量子-经典模型,或需在IBM/Google/Rigetti/IonQ等设备间实现跨平台兼容的场景。最适合用于变分算法(VQE、QAOA)、量子神经网络,以及与PyTorch/JAX/TensorFlow的集成。如需针对特定硬件的优化,请使用Qiskit(IBM)或Cirq(Google);如需处理开放量子系统,请使用QuTiP。

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