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Research & Science v1.0.0

专为医疗器械质量管理体系ISO 13485认证文件准备的综合工具包。当用户需要协助完成ISO 13485 QMS文件工作时使用,包括:(1)对现有文件进行差距分析;(2)编制质量手册;(3)制定所需程序和作业指导书;(4)准备医疗器械档案;(5)理解ISO 13485要求;或(6)识别医疗器械认证所需的缺失文件。当用户提及医疗器械法规、QMS认证、FDA QMSR、欧盟MDR,或需要协助编制质量体系文件时,也请使用本工具包。

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lamindb

K-Dense Inc.

此技能适用于使用LaminDB——一种开源的生物学数据框架,可使数据具备可查询性、可追溯性、可重复性和FAIR原则。适用于管理生物学数据集(如单细胞RNA测序、空间转录组、流式细胞术等)、跟踪计算工作流、使用生物学本体论对数据进行整理与验证、构建数据湖仓,以及确保生物学研究中的数据溯源与可重复性。涵盖数据管理、注释、本体论(基因、细胞类型、疾病、组织)、模式验证、与工作流管理工具(Nextflow、Snakemake)及MLOps平台(Weights & Biases、MLflow)的集成,以及部署策略。

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paper-2-web

K-Dense Inc.

此技能适用于将学术论文转化为宣传和展示格式,包括交互式网站(Paper2Web)、演示视频(Paper2Video)和会议海报(Paper2Poster)。适用于涉及论文传播、会议准备、创建可探索的学术主页、生成视频摘要,或从LaTeX或PDF源文件生成印刷级海报的任务。

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pathml

K-Dense Inc.

功能全面的计算病理学工具包,适用于高级WSI分析,包括多重免疫荧光(CODEX、Vectra)、细胞核分割、组织图构建以及病理数据的机器学习模型训练。支持160多种切片格式。如需从H&E切片中简单提取图像块,histolab可能更便捷。

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pyhealth

K-Dense Inc.

用于开发、测试和部署临床数据机器学习模型的综合性医疗人工智能工具包。当处理电子健康记录(EHR)、临床预测任务(死亡率、再入院、药物推荐)、医学编码系统(ICD、NDC、ATC)、生理信号(EEG、ECG)、医疗数据集(MIMIC-III/IV、eICU、OMOP)或为医疗应用实现深度学习模型(如RETAIN、SafeDrug、Transformer、GNN)时,应使用此技能。

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Research & Science v1.0.0

适用于生成期刊投稿级图表的元技能。适用于需要多面板布局、显著性标注、误差条、色盲友好配色方案以及特定期刊格式(如《自然》《科学》《细胞》)的图表制作,可协调使用 matplotlib、seaborn 或 plotly 以符合出版样式。如需快速探索,可直接使用 seaborn 或 plotly。

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scientific-writing

K-Dense Inc.

深度研究与写作工具的核心技能:以完整段落形式撰写科学论文(严禁使用项目符号)。采用两阶段流程:(1)通过研究检索制作各部分提纲并列出关键点;(2)将提纲转化为连贯流畅的正文。遵循IMRAD结构,引用格式支持APA/AMA/Vancouver,包含图表,符合CONSORT/STROBE/PRISMA等报告规范,适用于研究论文及期刊投稿。

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uniprot-database

K-Dense Inc.

直接访问UniProt的REST API,支持蛋白质搜索、FASTA获取、ID映射、Swiss-Prot/TrEMBL。对于涉及多个数据库的Python工作流,建议使用bioservices(统一接口,涵盖40多种服务)。如需直接进行HTTP/REST操作或对UniProt进行特定控制,请使用本工具。

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