显微镜数据管理平台。通过Python访问图像，获取数据集，分析像素，管理感兴趣区域/注释，支持批量处理，适用于高内涵筛选和显微镜工作流。

与 protocols.io API 集成，用于管理科学实验方案。当需要与 protocols.io 配合进行方案搜索、创建、更新或发布，管理方案步骤与材料，处理讨论与评论，组织工作区，上传与管理文件，或将 protocols.io 功能整合到工作流程中时，请使用此技能。适用于方案发现、协作式方案开发、实验跟踪、实验室方案管理及科学文档管理。

直接通过 REST API 访问 PubMed。支持高级布尔/MeSH 查询、E-utilities API、批量处理和引文管理。适用于 Python 工作流时，建议使用 BioPython（Bio.Entrez）。本工具适用于直接的 HTTP/REST 操作或自定义 API 实现。

用于处理DICOM（医学数字成像和通信）文件的Python库。当需要读取、写入或修改DICOM格式的医学影像数据，从医学影像（CT、MRI、X射线、超声）中提取像素数据，匿名化DICOM文件，处理DICOM元数据和标签，将DICOM图像转换为其他格式，处理压缩的DICOM数据，或处理医学影像数据集时，可使用此技能。适用于涉及医学影像分析、PACS系统、放射科工作流程和医疗影像应用的任务。

供应商中立的实验室自动化框架。适用于控制多种设备类型（如Hamilton、Tecan、Opentrons、酶标仪、泵）或需要跨不同供应商实现统一编程的场景。最适合复杂工作流程、多供应商配置及仿真环境。若仅使用Opentrons设备且有官方API，采用opentrons-integration可能更简单。

完整的质谱分析平台，适用于蛋白质组学工作流程中的特征检测、肽段鉴定、蛋白质定量和复杂的液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）流程。支持多种文件格式和算法，最适合蛋白质组学和全面的质谱数据处理。如需简单的谱图比较或代谢物鉴定，请使用matchms。

使用 pyzotero Python 客户端与 Zotero 参考文献管理库进行交互。通过 Zotero Web API v3 检索、创建、更新和删除条目、集合、标签和附件。在程序化处理 Zotero 库、管理参考文献、导出引文、搜索库内容、上传 PDF 附件或构建与 Zotero 集成的研究自动化工作流时使用此功能。

用于精细分子控制的化学信息学工具包。支持SMILES/SDF解析、描述符（分子量、LogP、TPSA）、指纹、子结构搜索、二维/三维生成、相似性计算和反应分析。如需标准工作流及更简洁的界面，请使用datamol（基于RDKit的封装）；如需高级控制、自定义净化或专用算法，请使用RDKit。

标准单细胞RNA测序分析流程。适用于质量控制、归一化、降维（PCA/UMAP/t-SNE）、聚类、差异表达分析和可视化。最适合采用成熟工作流程的探索性单细胞RNA测序分析。如需使用深度学习模型，请使用scvi-tools；如有关于数据格式的问题，请使用anndata。