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Data AI v1.0.0

使用AMiner开放平台API进行学术数据查询与分析。当用户需要查询学者档案、论文详情、机构数据、期刊内容或专利信息时,启用此技能。触发场景包括:提及AMiner、学术数据查询、搜索论文/学者/机构/期刊/专利、学术问答搜索、引文分析、研究机构分析、学者画像、论文引文链条、期刊投稿分析等。支持6种组合工作流(学者档案、论文深度分析、机构分析、期刊论文、论文问答搜索、专利分析)以及直接调用全部28个独立API。即使用户仅简单提及“查询学者XXX”或“查找关于XXX的论文”,也应主动启用此技能。

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alphafold-database

K-Dense Inc.

访问 AlphaFold 超过 2 亿个 AI 预测的蛋白质结构。通过 UniProt ID 检索结构,下载 PDB/mmCIF 文件,分析置信度指标(pLDDT、PAE),助力药物发现与结构生物学研究。

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anndata

K-Dense Inc.

单细胞分析中注释矩阵的数据结构。在处理.h5ad文件或与scverse生态系统集成时使用。此为数据格式技能——分析流程请使用scanpy;概率模型请使用scvi-tools;群体规模查询请使用cellxgene-census。

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astropy

K-Dense Inc.

一个用于天文学和天体物理学的综合性Python库。在处理天文数据时使用该技能,包括天体坐标、物理单位、FITS文件、宇宙学计算、时间系统、表格、天球坐标系统(WCS)和天文数据分析。当任务涉及坐标变换、单位转换、FITS文件操作、宇宙学距离计算、时间尺度转换或天文数据处理时使用。

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biopython

K-Dense Inc.

全面的分子生物学工具包。用于序列操作、文件解析(FASTA/GenBank/PDB)、系统发育分析以及编程访问NCBI/PubMed(Bio.Entrez)。最适合批量处理、自定义生物信息学流程和BLAST自动化。如需快速查询,请使用gget;如需多服务集成,请使用bioservices。

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bioservices

K-Dense Inc.

统一的 Python 接口,支持 40 多个生物信息学服务。在单个工作流中查询多个数据库(UniProt、KEGG、ChEMBL、Reactome)时使用,API 保持一致。最适合跨数据库分析和跨服务的 ID 映射。如需快速单数据库查询,请使用 gget;如需序列或文件操作,请使用 biopython。

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dask

K-Dense Inc.

用于处理超出内存大小的pandas/NumPy工作流的分布式计算。当您需要将现有的pandas/NumPy代码扩展到超出内存范围或跨集群运行时使用。最适合并行文件处理、分布式机器学习以及与现有pandas代码的集成。若需在单机上进行外存分析,请使用vaex;若需内存内高速运算,请使用polars。

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deeptools

K-Dense Inc.

NGS分析工具包。支持BAM转bigWig、质量控制(相关性、PCA、指纹图谱)、热图/轮廓图(TSS、峰位),用于ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq的可视化。

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