供应商中立的实验室自动化框架。适用于控制多种设备类型（如Hamilton、Tecan、Opentrons、酶标仪、泵）或需要跨不同供应商实现统一编程的场景。最适合复杂工作流程、多供应商配置及仿真环境。若仅使用Opentrons设备且有官方API，采用opentrons-integration可能更简单。

材料科学工具包：晶体结构（CIF、POSCAR）、相图、能带结构、态密度、Materials Project 集成、格式转换，适用于计算材料科学。

使用 PyMC 进行贝叶斯建模：构建分层模型、MCMC（NUTS）、变分推断、LOO/WAIC 比较、后验检验，用于概率编程与推断。

多目标优化框架。NSGA-II、NSGA-III、MOEA/D、帕累托前沿、约束处理、基准测试（ZDT、DTLZ），适用于工程设计与优化问题。

完整的质谱分析平台，适用于蛋白质组学工作流程中的特征检测、肽段鉴定、蛋白质定量和复杂的液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）流程。支持多种文件格式和算法，最适合蛋白质组学和全面的质谱数据处理。如需简单的谱图比较或代谢物鉴定，请使用matchms。

基因组文件工具包。读取/写入SAM/BAM/CRAM比对结果、VCF/BCF变异、FASTA/FASTQ序列，提取区域，计算覆盖度，适用于NGS数据处理流程。

治疗数据commons：AI就绪的药物发现数据集（ADME、毒性、DTI）、基准测试、骨架拆分、分子预测模型，用于治疗学机器学习和药理预测。

深度学习框架（PyTorch Lightning）。将PyTorch代码组织为LightningModules，配置训练器以支持多GPU/TPU，实现数据管道、回调函数、日志记录（W&B、TensorBoard）以及分布式训练（DDP、FSDP、DeepSpeed），以实现可扩展的神经网络训练。

使用 pyzotero Python 客户端与 Zotero 参考文献管理库进行交互。通过 Zotero Web API v3 检索、创建、更新和删除条目、集合、标签和附件。在程序化处理 Zotero 库、管理参考文献、导出引文、搜索库内容、上传 PDF 附件或构建与 Zotero 集成的研究自动化工作流时使用此功能。