用于单细胞组学的深度生成模型。当需要概率性批次校正(scVI)、迁移学习、带不确定性差异表达分析或多模态整合(TOTALVI、MultiVI)时使用。最适合高级建模、批次效应和多模态数据。标准分析流程请使用scanpy。
用于单细胞组学的深度生成模型。当需要概率性批次校正(scVI)、迁移学习、带不确定性差异表达分析或多模态整合(TOTALVI、MultiVI)时使用。最适合高级建模、批次效应和多模态数据。标准分析流程请使用scanpy。
提供指导性的统计分析,包括测试选择与结果报告。适用于需要帮助选择适合的数据检验方法、检验假设、功效分析以及APA格式结果输出的场景,最适合学术研究结果报告和测试选择指导。如需编程实现特定模型,请使用statsmodels。
查询STRING API以获取蛋白质-蛋白质相互作用(5900万蛋白质,200亿相互作用),用于系统生物学的网络分析、GO/KEGG富集、相互作用发现,涵盖5000多种物种。
使用 TileDB 高效存储和检索基因组变异数据,支持可扩展的 VCF/BCF 数据导入、增量样本添加、压缩存储、并行查询以及群体基因组学的导出功能。
使用 Google 的 TimesFM 基础模型进行零样本时间序列预测。无需训练自定义模型,即可对任何单变量时间序列(如销售、传感器、能源、生命体征、天气)进行预测。支持 CSV/DataFrame/数组输入,提供点预测和预测区间。包含预运行系统检查脚本,可在首次使用前验证内存和 GPU 状态。
用于分子和蛋白质的PyTorch原生图神经网络。适用于构建自定义GNN架构以进行药物发现、蛋白质建模或知识图谱推理,特别适合自定义模型开发、蛋白质性质预测和逆合成分析。如需预训练模型和多种特征化工具,请使用DeepChem;如需基准数据集,请使用PyTDC。
在使用预训练的Transformer模型进行自然语言处理、计算机视觉、音频或多模态任务时,应使用此技能。适用于文本生成、分类、问答、翻译、摘要、图像分类、目标检测、语音识别以及在自定义数据集上微调模型。
直接访问UniProt的REST API,支持蛋白质搜索、FASTA获取、ID映射、Swiss-Prot/TrEMBL。对于涉及多个数据库的Python工作流,建议使用bioservices(统一接口,涵盖40多种服务)。如需直接进行HTTP/REST操作或对UniProt进行特定控制,请使用本工具。
UMAP 维度约简:用于 2D/3D 可视化和聚类预处理(HDBSCAN)的快速非线性流形学习,支持监督/参数化 UMAP,适用于高维数据。