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alphafold-database

K-Dense Inc.

访问 AlphaFold 超过 2 亿个 AI 预测的蛋白质结构。通过 UniProt ID 检索结构,下载 PDB/mmCIF 文件,分析置信度指标(pLDDT、PAE),助力药物发现与结构生物学研究。

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bindingdb-database

K-Dense Inc.

查询 BindingDB 获取药物-靶标结合亲和力(Ki、Kd、IC50、EC50)的实测数据。可通过靶标(UniProt ID)、化合物(SMILES/名称)或病原体进行搜索。对药物发现、先导化合物优化、多靶点药理学分析及构效关系(SAR)研究至关重要。

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chembl-database

K-Dense Inc.

查询ChEMBL生物活性分子和药物发现数据。通过结构/性质搜索化合物,获取生物活性数据(IC50、Ki),寻找抑制剂,进行药物化学的构效关系研究。

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datamol

K-Dense Inc.

基于RDKit的Python风格封装,提供简化接口和合理的默认设置,适用于标准药物发现流程,包括SMILES解析、标准化、描述符、指纹、聚类、3D构象和并行处理。返回原生的rdkit.Chem.Mol对象。如需高级控制或自定义参数,请直接使用RDKit。

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drugbank-database

K-Dense Inc.

访问并分析DrugBank数据库中的全面药物信息,包括药物性质、相互作用、靶点、通路、化学结构和药理数据。当处理药物数据、药物发现研究、药理学研究、药物-药物相互作用分析、靶点鉴定、化学相似性搜索、ADMET预测,或任何需要从DrugBank获取详细药物及药物靶点信息的任务时,应使用此功能。

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pdb-database

K-Dense Inc.

访问 RCSB PDB 获取三维蛋白质/核酸结构。通过文本、序列或结构进行搜索,下载坐标(PDB/mmCIF),检索元数据,用于结构生物学和药物发现。

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pytdc

K-Dense Inc.

治疗数据commons:AI就绪的药物发现数据集(ADME、毒性、DTI)、基准测试、骨架拆分、分子预测模型,用于治疗学机器学习和药理预测。

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torchdrug

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用于分子和蛋白质的PyTorch原生图神经网络。适用于构建自定义GNN架构以进行药物发现、蛋白质建模或知识图谱推理,特别适合自定义模型开发、蛋白质性质预测和逆合成分析。如需预训练模型和多种特征化工具,请使用DeepChem;如需基准数据集,请使用PyTDC。

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