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Research & Science v1.0.0

gtex-database

K-Dense Inc.

查询GTEx(基因型-组织表达)门户,获取组织特异性基因表达、eQTLs(表达数量性状位点)和sQTLs。对于将GWAS变异与基因调控联系起来、理解组织特异性表达以及解读非编码变异的影响至关重要。

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gwas-database

K-Dense Inc.

查询NHGRI-EBI GWAS目录中的SNP与性状关联信息。通过rs编号、疾病/性状或基因搜索变异,获取P值和汇总统计量,用于遗传流行病学和多基因风险评分。

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jaspar-database

K-Dense Inc.

查询JASPAR以获取转录因子结合位点(TFBS)特征(PWMs/PFMs)。可通过转录因子名称、物种或类别进行搜索;扫描DNA序列以查找转录因子结合位点;比较基质矩阵;对调控基因组学、基序分析和GWAS调控变异解释至关重要。

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monarch-database

K-Dense Inc.

查询Monarch Initiative知识图谱,获取跨物种的疾病-基因-表型关联。整合了OMIM、ORPHANET、HPO、ClinVar和模式生物数据库,适用于罕见病基因发现、表型到基因的映射、跨物种疾病建模以及HPO术语查询。

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neurokit2

K-Dense Inc.

用于分析包括心电图(ECG)、脑电图(EEG)、皮肤电活动(EDA)、呼吸信号(RSP)、光电容积脉搏波(PPG)、肌电图(EMG)和眼电图(EOG)在内的生理数据的综合性生物信号处理工具包。适用于处理心血管信号、脑活动、皮肤电反应、呼吸模式、肌肉活动或眼动。可用于心率变异性分析、事件相关电位、复杂性衡量、自主神经系统评估、心理生理学研究以及多模态生理信号的整合。

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pennylane

K-Dense Inc.

一种与硬件无关的量子机器学习框架,支持自动微分。适用于通过梯度训练量子电路、构建混合量子-经典模型,或需在IBM/Google/Rigetti/IonQ等设备间实现跨平台兼容的场景。最适合用于变分算法(VQE、QAOA)、量子神经网络,以及与PyTorch/JAX/TensorFlow的集成。如需针对特定硬件的优化,请使用Qiskit(IBM)或Cirq(Google);如需处理开放量子系统,请使用QuTiP。

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pymc

K-Dense Inc.

使用 PyMC 进行贝叶斯建模:构建分层模型、MCMC(NUTS)、变分推断、LOO/WAIC 比较、后验检验,用于概率编程与推断。

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pysam

K-Dense Inc.

基因组文件工具包。读取/写入SAM/BAM/CRAM比对结果、VCF/BCF变异、FASTA/FASTQ序列,提取区域,计算覆盖度,适用于NGS数据处理流程。

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sympy

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在Python中进行符号数学运算时使用此功能。此功能适用于符号计算任务,包括代数求解方程、进行微积分运算(求导、积分、极限)、代数表达式化简、符号矩阵运算、物理计算、数论问题、几何计算,以及从数学表达式生成可执行代码。当用户需要精确的符号结果而非数值近似,或处理包含变量和参数的数学公式时,应使用此功能。

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