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Research & Science v1.0.0

histolab

K-Dense Inc.

轻量级 WSI 切片提取与预处理。适用于基础切片处理,如组织检测、切片提取和 H&E 图像的染色归一化。最适合简单流程、数据集准备和快速基于切片的分析。如需进行高级空间蛋白质组学、多重成像或深度学习流程,请使用 pathml。

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imaging-data-commons

K-Dense Inc.

使用 idc-index 从 NCI 成像数据 Commons 查询和下载公开的癌症影像数据,用于访问大规模的放射学(CT、MR、PET)和病理学数据集,以进行人工智能训练或研究。无需身份验证,可通过元数据查询、在浏览器中可视化并查看许可证。

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专为医疗器械质量管理体系ISO 13485认证文件准备的综合工具包。当用户需要协助完成ISO 13485 QMS文件工作时使用,包括:(1)对现有文件进行差距分析;(2)编制质量手册;(3)制定所需程序和作业指导书;(4)准备医疗器械档案;(5)理解ISO 13485要求;或(6)识别医疗器械认证所需的缺失文件。当用户提及医疗器械法规、QMS认证、FDA QMSR、欧盟MDR,或需要协助编制质量体系文件时,也请使用本工具包。

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lamindb

K-Dense Inc.

此技能适用于使用LaminDB——一种开源的生物学数据框架,可使数据具备可查询性、可追溯性、可重复性和FAIR原则。适用于管理生物学数据集(如单细胞RNA测序、空间转录组、流式细胞术等)、跟踪计算工作流、使用生物学本体论对数据进行整理与验证、构建数据湖仓,以及确保生物学研究中的数据溯源与可重复性。涵盖数据管理、注释、本体论(基因、细胞类型、疾病、组织)、模式验证、与工作流管理工具(Nextflow、Snakemake)及MLOps平台(Weights & Biases、MLflow)的集成,以及部署策略。

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latchbio-integration

K-Dense Inc.

生物信息学工作流的锁扣平台。使用 Latch SDK、@workflow/@task 装饰器构建流水线,部署无服务器工作流,支持 LatchFile/LatchDir,集成 Nextflow/Snakemake。

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具备全面的 Markdown 和 Mermaid 图表编写能力,适用于创建任何科学文档、报告、分析或可视化内容。以文本化图表为默认文档标准,提供完整的样式指南(Markdown + Mermaid)、24 种图表类型参考及 9 种文档模板。

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matplotlib

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低层级绘图库,支持完全自定义。当您需要对每个绘图元素进行精细控制、创建新型图表类型或与特定科学工作流集成时使用。可导出为 PNG/PDF/SVG 格式以供发表。如需快速生成统计图表,请使用 seaborn;如需交互式图表,请使用 plotly;如需符合期刊风格的出版级多面板图表,请使用 scientific-visualization。

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modal

K-Dense Inc.

在云端使用无服务器容器、GPU 和自动扩缩容运行 Python 代码。适用于部署机器学习模型、运行批处理任务、调度计算密集型任务,或提供需 GPU 加速或动态扩缩容的 API。

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opentrons-integration

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适用于 OT-2 和 Flex 机器人的官方 Opentrons 协议 API。在为 Opentrons 硬件编写协议并需要全面访问 Protocol API v2 功能时使用。最适合生产环境中的 Opentrons 协议,确保官方 API 兼容性。如需多供应商自动化或更广泛的设备控制,请使用 pylabrobot。

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