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Research & Science v1.0.0

rdkit

K-Dense Inc.

用于精细分子控制的化学信息学工具包。支持SMILES/SDF解析、描述符(分子量、LogP、TPSA)、指纹、子结构搜索、二维/三维生成、相似性计算和反应分析。如需标准工作流及更简洁的界面,请使用datamol(基于RDKit的封装);如需高级控制、自定义净化或专用算法,请使用RDKit。

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scanpy

K-Dense Inc.

标准单细胞RNA测序分析流程。适用于质量控制、归一化、降维(PCA/UMAP/t-SNE)、聚类、差异表达分析和可视化。最适合采用成熟工作流程的探索性单细胞RNA测序分析。如需使用深度学习模型,请使用scvi-tools;如有关于数据格式的问题,请使用anndata。

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Research & Science v1.0.0

scientific-schematics

K-Dense Inc.

使用 Nano Banana 2 AI 创建符合出版标准的科学图表,具备智能迭代优化功能。采用 Gemini 3.1 Pro 预览版进行质量审核,仅当图表质量低于您文档类型的阈值时才重新生成。专精于神经网络架构、系统图、流程图、生物通路及复杂的科学可视化。

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scientific-writing

K-Dense Inc.

深度研究与写作工具的核心技能:以完整段落形式撰写科学论文(严禁使用项目符号)。采用两阶段流程:(1)通过研究检索制作各部分提纲并列出关键点;(2)将提纲转化为连贯流畅的正文。遵循IMRAD结构,引用格式支持APA/AMA/Vancouver,包含图表,符合CONSORT/STROBE/PRISMA等报告规范,适用于研究论文及期刊投稿。

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Research & Science v1.0.0

scikit-survival

K-Dense Inc.

使用scikit-survival库在Python中进行生存分析和事件发生时间建模的综合工具包。当处理删失生存数据、执行事件发生时间分析、拟合Cox模型、随机生存森林、梯度提升模型或生存支持向量机、使用一致性指数或Brier评分评估生存预测、处理竞争风险,或使用scikit-survival库实现任何生存分析流程时,请使用此技能。

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Research & Science v1.0.0

shap

K-Dense Inc.

使用SHAP(SHapley Additive exPlanations)进行模型可解释性和可解释性分析。在解释机器学习模型预测、计算特征重要性、生成SHAP图(瀑布图、蜜蜂群图、条形图、散点图、力图、热力图)、调试模型、分析模型偏差或公平性、比较模型或实现可解释AI时使用此技能。适用于基于树的模型(XGBoost、LightGBM、随机森林)、深度学习(TensorFlow、PyTorch)、线性模型以及任何黑箱模型。

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uniprot-database

K-Dense Inc.

直接访问UniProt的REST API,支持蛋白质搜索、FASTA获取、ID映射、Swiss-Prot/TrEMBL。对于涉及多个数据库的Python工作流,建议使用bioservices(统一接口,涵盖40多种服务)。如需直接进行HTTP/REST操作或对UniProt进行特定控制,请使用本工具。

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Development v1.0.0

使用 p5.js 结合种子随机性和交互式参数探索创作算法艺术。当用户要求使用代码、生成艺术、算法艺术、流动场或粒子系统创作艺术时使用此方法。请创作原创的算法艺术,避免复制现有艺术家的作品,以防止侵犯版权。

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Documentation v1.0.0

引导用户通过结构化的工作流程协作撰写文档。当用户希望撰写文档、提案、技术规范、决策文档或类似结构化内容时使用。此工作流程帮助用户高效传递上下文,通过迭代优化内容,并确保文档对读者有效。当用户提及撰写文档、创建提案、起草规范或类似文档任务时触发。

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