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Research & Science v1.0.0

matplotlib

K-Dense Inc.

低层级绘图库,支持完全自定义。当您需要对每个绘图元素进行精细控制、创建新型图表类型或与特定科学工作流集成时使用。可导出为 PNG/PDF/SVG 格式以供发表。如需快速生成统计图表,请使用 seaborn;如需交互式图表,请使用 plotly;如需符合期刊风格的出版级多面板图表,请使用 scientific-visualization。

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modal

K-Dense Inc.

在云端使用无服务器容器、GPU 和自动扩缩容运行 Python 代码。适用于部署机器学习模型、运行批处理任务、调度计算密集型任务,或提供需 GPU 加速或动态扩缩容的 API。

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molfeat

K-Dense Inc.

用于机器学习的分子特征化(100多种特征化方法)。ECFP、MACCS、描述符、预训练模型(ChemBERTa),将SMILES转换为特征,适用于QSAR和分子机器学习。

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molecular-dynamics

K-Dense Inc.

使用 OpenMM 和 MDAnalysis 运行并分析分子动力学模拟。搭建蛋白质/小分子体系,定义力场,执行能量最小化和分子动力学生产模拟,分析轨迹(RMSD、RMSF、接触图、自由能表面),适用于结构生物学、药物结合和生物物理学研究。

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monarch-database

K-Dense Inc.

查询Monarch Initiative知识图谱,获取跨物种的疾病-基因-表型关联。整合了OMIM、ORPHANET、HPO、ClinVar和模式生物数据库,适用于罕见病基因发现、表型到基因的映射、跨物种疾病建模以及HPO术语查询。

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networkx

K-Dense Inc.

一个功能全面的工具包,用于在 Python 中创建、分析和可视化复杂网络与图。适用于处理网络/图数据结构、分析实体间的关联、计算图算法(最短路径、中心性、聚类)、检测社区结构、生成合成网络或可视化网络拓扑结构。适用于社交网络、生物网络、交通系统、引文网络以及任何涉及成对关系的领域。

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neurokit2

K-Dense Inc.

用于分析包括心电图(ECG)、脑电图(EEG)、皮肤电活动(EDA)、呼吸信号(RSP)、光电容积脉搏波(PPG)、肌电图(EMG)和眼电图(EOG)在内的生理数据的综合性生物信号处理工具包。适用于处理心血管信号、脑活动、皮肤电反应、呼吸模式、肌肉活动或眼动。可用于心率变异性分析、事件相关电位、复杂性衡量、自主神经系统评估、心理生理学研究以及多模态生理信号的整合。

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