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chembl-database

K-Dense Inc.

查询ChEMBL生物活性分子和药物发现数据。通过结构/性质搜索化合物,获取生物活性数据(IC50、Ki),寻找抑制剂,进行药物化学的构效关系研究。

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citation-management

K-Dense Inc.

用于学术研究的全面文献管理。搜索Google Scholar和PubMed中的论文,提取准确的元数据,验证引用信息,并生成格式正确的BibTeX条目。当您需要查找论文、核实引用信息、将DOI转换为BibTeX格式,或确保科学写作中参考文献的准确性时,请使用本功能。

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clinvar-database

K-Dense Inc.

在NCBI ClinVar中查询变异的临床意义。通过基因/位置搜索,解读致病性分类,通过E-utilities API或FTP访问,注释VCF文件,用于基因组医学。

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datacommons-client

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与 Data Commons 平台合作,该平台提供对全球来源公共统计数据的程序化访问。在处理人口数据、经济指标、健康统计、环境数据或通过 Data Commons 可用的任何公共数据集时使用此技能。适用于查询人口统计信息、GDP 数据、失业率、疾病患病率、地理实体解析以及探索统计实体之间的关系。

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datamol

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基于RDKit的Python风格封装,提供简化接口和合理的默认设置,适用于标准药物发现流程,包括SMILES解析、标准化、描述符、指纹、聚类、3D构象和并行处理。返回原生的rdkit.Chem.Mol对象。如需高级控制或自定义参数,请直接使用RDKit。

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deepchem

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使用多种特征提取器和预构建数据集的分子机器学习。当您需要丰富的特征提取选项和MoleculeNet基准时,可将其用于性质预测(如ADMET、毒性)与传统机器学习或图神经网络(GNN)结合使用。最适合使用预训练模型和多样分子表示进行快速实验。对于以图为主的PyTorch工作流程,请使用torchdrug;对于基准数据集,请使用pytdc。

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